Sau lần va chạm thứ hai, tất cả những gì còn lại của Nhật Bản là Tokyo-3, một thành phố đang bị tấn công bởi những sinh vật khổng lồ tìm cách diệt trừ loài người, được gọi là Angels. Sau hơn tám năm không gặp cha mình, Shinji Ikari nhận được một cuộc điện